Keberadaan candi Borobudur ditemukan oleh Gubernur Jenderal Sir Thomas Raffles pada tahun 1814. Saat itu Belanda dan Inggris berperang dan sempat wilayah nusantara dipimpin oleh Inggris. Saat Raffles berkunjung ke Semarang, ia mendapat laporan ada bukit yang penuh dengan relief. Bersama dengan H.C. Cornelius, seorang Belanda, disertai 200 orang dimulailah pembersihan situs berbentuk bukit tersebut.
Tahun 1835 dan seterusnya mulailah tampak wujud sebenarnya bagian atas candi, diteruskan bertahun-tahun hingga dianggap selesai pada tahun 1850-an. Dan pada tahun 1873 seorang artis Belanda, F.C. Wilsen, menerbitkan monograf pertama relief-relief candi Borobudur, hingga kemudian Isidore van Kinsbergen memotret candi tersebut. Namun saat itu status dan struktur candi Borobudur masih diyakini tak stabil.
Awal abad ke-20 dilakukan restorasi besar-besaran oleh Theodoor van Erp, yang bertugas di Magelang, sekaligus tergabung ke dalam Borobudur Commission. Erp melakukan metoda yang disebut anastylosis, yaitu suatu metoda untuk merekonstruksi bangunan tua bersejarah dengan perhitungan, simulasi, disassembly dan disusun kembali dengan bantuan batu, plester, semen untuk menahan struktur dan bagian yang telah hilang. Namun upaya ini kurang sukses karena kurangnya dana, sehingga Erp hanya fokus pada restorasi struktur dan drainase.
Tahun 1973 hingga 1984 UNESCO ikut membantu dalam upaya restorasi dan pendanaan candi ini. Dibongkar lebih lengkap, struktur tanah dan bukit diperkuat, serta kembali batu-batu disusun hingga tampak kemegahannya hingga sekarang. UNESCO pun memasukkannya ke dalam daftar World Heritage Site atau Warisan Dunia UNESCO.